의료기관 행정처분 취소소송에서 처분의 위법성을 다툴 때 정리해야 할 쟁점

의료기관 행정처분 취소소송은 어떤 경우에 제기할 수 있을까요?

의료기관에 대한 행정처분은 적용 법률과 위반행위의 내용에 따라 다양한 형태로 이루어집니다.

의료법 제64조는 일정한 위반행위가 있는 경우 의료기관의 의료업 정지, 개설허가 취소 또는 폐쇄명령 등을 규정하고 있습니다.

한편 국민건강보험법 제98조는 요양기관의 업무정지를, 제99조는 법정 요건에 해당하는 경우 업무정지를 갈음하는 과징금 부과를 규정하고 있습니다.

의료기관의 개설·운영과 관련된 제재인지, 건강보험 요양급여 관련 제재인지에 따라 처분의 법적 근거와 효과가 달라질 수 있습니다.

따라서 행정처분 취소소송을 검토할 때는 먼저 처분서에 기재된 처분명과 근거 법령을 정확히 확인해야 합니다.

특히 의료기관 개설자에게 내려진 처분인지, 의료인 개인의 면허자격에 관한 처분인지도 구별해야 합니다. 두 처분은 서로 다른 법적 요건과 효과를 가질 수 있기 때문입니다.

처분 사유가 실제로 존재하는지부터 확인해야 합니다

행정처분의 위법성을 다툴 때 가장 먼저 검토할 부분은 행정청이 처분의 근거로 삼은 사실관계입니다.

예를 들어 의료기관이 요양급여비용을 부당하게 청구했다는 이유로 처분을 받았다면 실제 청구내역과 진료기록, 관련 급여기준 등을 비교해야 합니다.

무자격자 의료행위나 의료기관 개설기준 위반이 문제되는 경우에도 실제 업무의 내용과 담당자의 자격, 의료기관 운영구조 등을 구체적으로 확인해야 합니다.

행정청이 일부 자료를 잘못 해석했거나 조사 과정에서 특정 사실을 누락했다면 그 내용이 처분 사유의 성립 여부에 영향을 미칠 수 있습니다.

그러나 행정청의 판단에 동의하지 않는다는 주장만으로는 충분하지 않을 수 있습니다.

어떤 사실이 잘못 인정되었는지, 이를 뒷받침하는 진료기록이나 계약서, 인력배치표 등이 무엇인지 구체적으로 제시할 필요가 있습니다.

적용 법령과 처분 요건이 정확한지도 살펴야 합니다

행정청이 의료기관에 불이익한 처분을 하려면 해당 처분을 허용하는 법률상 근거와 요건이 충족되어야 합니다.

같은 의료기관에서 발생한 문제라도 의료법 위반인지, 국민건강보험법 위반인지, 의료급여법 위반인지에 따라 처분의 요건과 기준은 달라집니다.

특히 의료법 제64조 제1항은 여러 위반사유에 관하여 행정청이 처분의 종류와 정도를 선택할 수 있도록 규정하면서도, 제8호의 경우에는 개설허가 취소 또는 의료기관 폐쇄를 명하도록 정하고 있습니다.

따라서 처분의 근거 조항에 따라 행정청의 재량이 인정되는지 여부를 먼저 구별해야 합니다.

또한 위반행위가 발생한 당시의 법령과 처분 당시 적용되는 법령, 관련 경과규정 등을 검토해야 할 수 있습니다.

처분 당시 행정청이 적용한 조항이 해당 행위에 적용될 수 있는지, 처분 기준을 잘못 계산하거나 다른 위반행위에 관한 기준을 적용한 것은 아닌지 확인하는 과정이 필요합니다.

사전통지와 청문 등 행정절차가 적법했는지 확인해야 합니다

의료기관에 대한 행정처분은 처분 사유뿐 아니라 처분에 이르는 절차 역시 중요합니다.

행정절차법 제21조는 원칙적으로 권익을 제한하는 처분을 할 때 처분의 원인이 되는 사실과 법적 근거, 의견제출에 관한 사항 등을 사전에 통지하도록 규정하고 있습니다.

또한 행정절차법 제22조는 일정한 처분에서 청문을 실시하도록 하고 있으며, 그 밖의 침익적 처분에 대해서도 원칙적으로 의견제출 기회를 보장하도록 하고 있습니다.

의료법 제84조에 따르면 의료기관 개설허가 취소나 폐쇄명령 등 법에서 정한 처분을 할 때는 청문을 실시해야 합니다.

다만 모든 의료기관 업무정지 처분에 동일하게 청문이 요구되는 것은 아닙니다. 처분의 종류와 관련 법령, 행정절차법상 예외사유 등을 확인해야 합니다.

행정절차법 제23조에 따른 처분의 근거와 이유가 적절하게 제시되었는지도 검토할 필요가 있습니다.

절차상 하자가 있다고 주장하려면 어떤 절차가 법적으로 요구되었는지와 실제 진행 과정이 어떻게 달랐는지를 구체적으로 정리해야 합니다.

처분 수위가 과도하다면 비례원칙 위반을 검토할 수 있습니다

행정처분 취소소송에서는 위반행위가 일부 인정되더라도 처분의 수위가 적정한지 별도로 다투는 경우가 있습니다.

행정청에 재량이 인정되는 처분이라면 위반행위의 내용과 정도, 의료기관 운영에 미치는 영향, 처분을 통해 달성하려는 공익 등을 종합적으로 검토해야 합니다.

처분으로 달성하려는 공익과 의료기관이 입는 불이익 사이의 균형이 현저하게 무너진 경우에는 재량권 일탈·남용 여부가 문제될 수 있습니다.

다만 의료기관의 영업상 손실이 크다는 사정만으로 처분이 곧바로 위법해지는 것은 아닙니다.

특히 의료법 제64조 제1항 제8호처럼 법률이 일정한 사유에 대해 개설허가 취소 또는 폐쇄를 명하도록 한 경우에는 단순히 처분 수위가 무겁다는 이유로 재량권 남용을 주장하기 어렵습니다.

따라서 비례원칙 위반을 주장하기 전에 해당 처분이 재량행위인지 기속행위인지부터 구별하는 것이 필요합니다.

대법원 판례에서 확인할 수 있는 의료기관 행정처분의 판단 기준

대법원 2021. 3. 11. 선고 2019두57831 판결은 의료법 제64조 제1항 제8호에 따른 의료기관 개설허가 취소처분의 법적 성질을 판단한 사례입니다.

대법원은 의료기관 개설자가 거짓으로 진료비를 청구하여 금고 이상의 형이 확정된 경우에는 해당 의료기관에 대한 개설허가 취소 또는 폐쇄명령이 법률상 의무적으로 이루어져야 한다고 판단하였습니다.

이 판결은 처분의 종류와 근거 조항에 따라 행정청의 재량 범위가 달라진다는 점을 보여줍니다.

한편 대법원 2020. 7. 9. 선고 2018두44838 판결은 국민건강보험법상 부당이득징수처분의 재량권 행사에 관한 법리를 제시하였습니다.

대법원은 의료기관의 개설 자격 위반과 관련하여 요양급여비용을 환수하는 경우 실제 요양급여의 내용과 비용, 개설·운영 과정에서의 역할, 위법성의 정도, 얻은 이익 등을 고려해야 한다는 취지로 판단하였습니다.

이는 의료기관에 대한 금전적 제재나 환수처분에서도 구체적인 사정에 대한 검토가 중요할 수 있음을 보여주는 판례입니다.

다만 위 두 판례는 서로 다른 법률과 처분 유형에 관한 판단이므로 개별 사건에 그대로 동일한 결론이 적용된다고 볼 수는 없습니다.

요양급여비용 환수와 업무정지 처분은 구별해야 합니다

건강보험 관련 조사 이후에는 부당이득징수처분과 업무정지 또는 과징금 처분이 함께 문제되는 경우가 있습니다.

국민건강보험법 제57조는 속임수나 그 밖의 부당한 방법으로 보험급여비용을 받은 경우의 부당이득징수를 규정하고 있습니다.

반면 제98조는 일정한 위반행위를 한 요양기관에 대한 업무정지를, 제99조는 법정 요건에 따라 업무정지를 갈음하는 과징금 부과를 정하고 있습니다.

따라서 같은 조사에서 비롯된 처분이더라도 각각의 처분에 적용되는 법적 요건과 산정 기준은 별도로 검토해야 합니다.

특히 부당청구금액을 산정한 자료에 오류가 있는지, 조사대상 기간과 실제 청구내역이 일치하는지, 적용된 급여기준이 정확한지 등을 확인할 필요가 있습니다.

취소소송을 준비할 때 어떤 증거자료가 필요할까요?

행정처분 취소소송에서는 의료기관의 설명을 뒷받침할 수 있는 객관적인 자료가 중요합니다.

제가 이러한 사건을 검토할 때는 먼저 행정청이 어떤 자료를 근거로 처분을 내렸는지 살펴보고, 의료기관이 보유한 자료와 비교할 필요가 있는 부분을 정리합니다.

자료를 제출할 때는 단순히 문서의 양을 늘리기보다 각 자료가 어떤 쟁점을 뒷받침하는지 구체적으로 설명하는 것이 좋습니다.

진료기록과 청구자료 등은 원본성과 작성 경위가 중요하므로 기존 자료를 임의로 수정하거나 누락하지 않도록 주의해야 합니다.

행정처분 취소소송의 제소기간은 어떻게 계산할까요?

행정처분에 불복하려는 경우에는 소송을 제기할 수 있는 기간을 먼저 확인해야 합니다.

행정소송법 제20조에 따르면 취소소송은 원칙적으로 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 제기해야 합니다.

또한 원칙적으로 처분이 있은 날부터 1년을 경과하면 소송을 제기할 수 없지만, 법에서 정한 정당한 사유가 있는 경우에는 예외가 인정될 수 있습니다.

적법하게 행정심판을 청구한 경우에는 행정소송법에서 정한 요건에 따라 재결서 정본을 송달받은 날을 기준으로 제소기간을 계산하게 됩니다.

일반적으로 행정심판을 거치지 않고 바로 취소소송을 제기할 수도 있으나, 개별 법률에서 특별한 절차를 정하고 있는지 확인해야 합니다.

업무정지가 예정되어 있다면 집행정지도 검토해야 합니다

의료기관 행정처분 취소소송에서 중요한 문제 중 하나는 소송이 진행되는 동안 처분의 효력이 계속 유지될 수 있다는 점입니다.

행정소송법 제23조 제1항은 취소소송을 제기하더라도 처분의 효력이나 집행이 원칙적으로 정지되지 않는다고 규정하고 있습니다.

따라서 업무정지 처분이 곧 시행될 예정이라면 본안소송과 함께 집행정지 신청을 검토할 필요가 있습니다.

집행정지가 인정되기 위해서는 처분의 집행 등으로 회복하기 어려운 손해가 발생할 우려가 있고, 이를 예방하기 위한 긴급한 필요성이 인정되어야 합니다.

또한 집행정지가 공공복리에 중대한 영향을 미칠 우려가 있다면 허용되지 않습니다.

의료기관의 매출 감소나 직원들의 고용 문제뿐 아니라 입원환자의 치료 연속성, 진료 공백 등도 사안에 따라 검토할 자료가 될 수 있습니다.

다만 이러한 사정이 있다는 이유만으로 집행정지가 자동으로 허용되는 것은 아니며, 법원이 구체적인 소명자료를 토대로 판단하게 됩니다.

집행정지는 본안소송의 승소를 의미하지 않습니다. 처분의 위법성에 관한 최종 판단과는 구별되는 잠정적인 권리보호 절차입니다.

의료기관 행정처분 취소소송에서 자주 묻는 질문

관련 법령 및 참고 판례

※ 2026년 10월 23일 기준 법령을 바탕으로 작성하였습니다. 개별 사건에서 적용되는 법률과 처분기준, 제소기간 등은 처분의 종류와 관련 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다.

유왕현 변호사가 살펴보는 의료기관 행정처분 대응 방향

의료기관 행정처분 취소소송에서는 단순히 처분이 과도하다는 주장만으로 충분한 대응이 이루어지기 어렵습니다.

처분의 법적 근거와 사실관계를 검토하고, 현지조사 및 행정절차의 적법성, 처분 수위의 적정성, 관련 판례의 법리를 종합적으로 살펴야 합니다.

특히 업무정지나 의료기관 개설허가 취소처럼 운영에 직접적인 영향을 미치는 처분이라면 제소기간뿐 아니라 집행정지의 필요성도 함께 검토해야 합니다.

제가 이러한 사건에서 중요하게 생각하는 부분은 처분에 대한 막연한 이의를 제기하는 데 그치지 않고, 처분 사유별로 법적 요건과 증거관계를 구분하여 검토하는 것입니다.

또한 의료기관의 진료 공백과 환자의 권익, 운영상 영향 등을 함께 살펴 현실적인 대응 방향을 정리할 필요가 있습니다.

유왕현 변호사

법무법인 우원